Στη Σχολή Θετικών Επιστημών λειτουργούν είκοσι οκτώ (28) Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, τα οποία ανά Τμήμα έχουν ως εξής:
ΤΜΗΜΑ ΦΥΣΙΚΗΣ
1. Διδακτική της Φυσικής & Εκπαιδευτική Τεχνολογία
2. ΥποΑτομική Φυσική και Τεχνολογικές Εφαρμογές
3. Ηλεκτρονική Φυσική (Ραδιοηλεκτρολογία)
6. Φυσική και Τεχνολογία Υλικών
ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΕΙΑΣ
1. Έλεγχος Ποιότητας – Χημική Ανάλυση – Περιβάλλον
2. Επιστήμη και Τεχνολογία Ηλεκτροχημικών Συστημάτων
3. Συνθετική Χημεία, Βιοχημεία και Εφαρμογές
4. Χημική Τεχνολογία και Βιομηχανικές Εφαρμογές
5. Μοριακός Σχεδιασμός και Μοντελοποίηση-Χημική Εκπαίδευση
6. Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στην Επιστήμη Υλικών Αρχαιολογικού Ενδιαφέροντος
7. ΔΠΜΣ “Φυσικές και Χημικές Μέθοδοι Διάγνωσης Φθοράς Υλικών Πολιτιστικής Κληρονομιάς”
ΤΜΗΜΑ ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΩΝ
1. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στα Μαθηματικά
ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ
2. Διαχείριση Βιοποικιλότητας και βιολογικών πόρων
3. ΔΠΜΣ “Ολοκληρωμένη Διαχείριση Λεκανών Απορροής και Παράκτιων Περιοχών”
ΤΜΗΜΑ ΓΕΩΛΟΓΙΑΣ
1. Εφαρμοσμένη και Περιβαλλοντική Γεωλογία
2. Μετεωρολογία, Κλιματολογία και Ατμοσφαιρικό Περιβάλλον
3. Έρευνα και Εκμετάλλευση Υδρογονανθράκων
ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ
1. Ψηφιακά Μέσα- Υπολογιστική Νοημοσύνη
3. Επιστήμη Δεδομένων και Παγκόσμιου Ιστού
4. Διαδραστικές Τεχνολογίες Υλικού και Λογισμικού
5. Δίκτυα Επικοινωνιών και Ασφάλεια Συστημάτων
6. ΔΠΜΣ “Διοίκηση Επιχειρήσεων και Πληροφοριακά Συστήματα”